惑星4546Bで最もよく見かける岩石。浅瀬から深海まで全域に分布し、採掘するとチタニウムか銅鉱石が得られる。見飽きるほど多いが、チタニウムの需要は最後まで尽きない。
石灰岩は惑星4546Bで最も産出量の多い岩石で、浅瀬サンゴ礁（Safe Shallows）を中心にほぼ全てのバイオームで確認できる。採掘するとチタニウムか銅鉱石のどちらかが1〜2個得られる。
ゲーム序盤は脱出ポッド周辺の石灰岩を叩くだけでチタニウムと銅が揃い、最初の道具一式を作れる。後半になると見慣れすぎて完全に背景と化すが、チタニウムと銅の需要は最後まで続く。
序盤：脱出ポッド周辺の浅瀬サンゴ礁で素手採掘。スキャナールームが使えるようになるまでは目視採掘が基本。
中盤以降：スキャナールームにHUDチップを装備すると、石灰岩の位置がオレンジ丸で表示されて一気に効率アップ。ただし石灰岩に関しては「探す必要がないほど多い」ため、スキャンの優先度は低め。
現実の石灰岩（炭酸カルシウム CaCO₃）は地球の地殻の約10〜15%を占める代表的な堆積岩。海中生物の殻や骨格が長い年月をかけて圧縮・固化して形成される。
ゲーム内での設定と現実の面白い一致点：石灰岩は実際に海洋環境で大量形成される岩石で、「海底に大量にある」という設定はリアルに基づいている。ただし現実の石灰岩からはチタニウムや銅は採れない（石灰石はセメントや石灰の原料）。海洋惑星の設定に合わせた合理的なゲームデザインといえる。